Az eperjesi kollégium a Magyar Királyság első evangélikus főiskolájaként formálta az ország politikai, katonai és kulturális elitjének egész nemzedékeit. Maga a város már 1531-ben áttért a protestáns hitre, és számtalan híres szülöttje volt, akik külföldi, jellemzően protestáns egyetemeken tökéletesítették tudásukat, majd hazatérve a három részre szakadt ország fennmaradásáért fáradoztak. Közülük kiemelendő Gyalui (Gelei) Torda Zsigmond humanista, orvos és kamarai tanácsos. Megfordult Krakkóban, Wittenbergben, Leuvenben, Bázelben es Padovában is, majd az eperjesi líceum rektora lett 1551-ben, de 14 évvel később Pozsonyba költözött, ugyanis királyi kamaratanácsosi rangot kapott. Az 1590-es évekből pedig érdemes felidéznünk Bocatius János költő nevét, aki 1594 és 1599 között tanított Eperjesen, mielőtt a kassai iskola vezetőjének kérték volna fel.
A felső-magyarországi rendek végül azért döntöttek 1665-ben az intézmény megalapítása mellett, mert az ellenreformáció hatására egyre nehezebbé vált a magyarországi evangélikus diákok németországi taníttatása, helyi oktatási intézményre volt szükség. Weber János eperjesi főbíró a városi tanács elnökeként oroszlánrészt vállalt a kollégium létrejöttében. Hatalmas tekintélyét és nagy vagyonát egyaránt felhasználta az orvos és gyógyszerész végzettséggel rendelkező mecénás a cél érdekében. A többségében lutheránus vallású városát a katolikus Habsburg-birodalom árnyékában eredményesen kormányozta, az udvartól nemességet is kapott „Felsőmagyarország örökös főgyógyszerésze”. Az oktatás szívügye volt, saját házában gyógyszerészképző iskolát létesített, emellett négy könyvet is írt. Fontos kiemelni mecénási szerepéből azt is, hogy az evangélikus templomnak oltárkép méretű festményt ajándékozott. Mint azonban rövidesen látni fogjuk, az evangélikusok között is jelentős belső feszültségek és széthúzás alakult ki.
Az események a rendek 1665-ös döntése után felgyorsultak. Eperjes városa támogatta a rendek kezdeményezését a kollégium megalapítására, adománygyűjtést tartottak és 1666 áprilisában már sor is kerülhetett az alapkő letételére. A kollégium annyira átvette a helyi gimnázium szerepét, hogy annak utolsó rektora, Pancratius Mihály került a kollégium élére.
1667. október 18-án nyitották meg olyan tízosztályos gimnáziumként, ahol a felső osztályokban a filozófia és a teológia is szerepelt a tananyagban. Pancratius helyét még 1667-ben Pomarius Mihály vette át rektorként, aki az oktatás magas színvonala miatt már egyetemi célokat dédelgetett, azonban ezt a rangot nem sikerült elérni. Az oktatás színvonalát az is bizonyítja, hogy a végzősök egyetemi végzettség nélkül is el tudtak helyezkedni iskolai tanárként, lelkészként. A kollégium tanárai közül kiemelendő Ladiver Illés, akinek katolikusellenes és Habsburg-ellenes iskoladrámái nagyon népszerűek voltak. Az előadások nyelve német, szlovák és magyar volt.
Alig három évnyi működés után a Wesselényi-féle „összeesküvés” leleplezése (1670) megpecsételte a kollégium sorsát is. 1671-ben Spankau generális katonái elfoglalták az épületet, és hadi raktárrá alakították át. Az oktatás a régi iskolaépületbe költözött, de az evangélikusok azt sem tarthatták meg, emiatt a tanárok és a diákok szétszéledtek. Többek között ekkor üldözték el Ladiver Illést is, aki ezután Erdélyben a segesvári gimnázium rektoraként újjászervezte az ottani oktatást. A külföldre menekülő egykori eperjesi diákok közül pedig Rezik János nevét érdemes kiemelni, aki Pomarius és Ladiver tanítványa volt, majd 1674-től 1683-ig a toruńi (régi nevén: thorni) egyetem tanáraként tevékenykedett.
Eközben Eperjesen alig egy évvel a nagy üldöztetés után a jezsuiták a régi iskolaépületben már katolikus gimnáziumot működtettek, az evangélikus kollégiumból pedig rendház lett. 1673-ban ismét fordult a kocka, mert Thököly Imre a kurucai élén elfoglalta Eperjest, a jezsuitákat elzavarták, a kollégiumot pedig újraindították Collegium Thökölyanum néven. Mivel az intézmény fenntartásának gazdasági háttere a jezsuita korszakban megszűnt, ezért néhány város, ily módon Tállya 600 holdnyi szőlőjének és Rimaszombat adóbevételének a felével gondoskodott a kollégium működéséről, illetve Eperjes is hozzájárult a költségekhez. Thököly visszahívta Segesvárról Eperjesre kedvenc tanárát, Ladiver Illést, aki az alapoktól építette újra az evangélikus képzést egészen 1686-ban bekövetkezett haláláig. A Thököly-felkelés bukása után 1687-ben gróf Csáky István a kollégium épületét és az evangélikus templomot is elkobozta, megint „mehetett mindenki, amerre látott”.
A kollégiumot sújtó válságok közepette Weber János főbíró ügyesen lavírozott. Mind a Wesselényi-féle összeesküvés, mind a Thököly-felkelés kapcsán vád alá helyezték és bebörtönözték, de politikai manőverezésének és vagyonának köszönhetően megmenekült a felelősségre vonás alól. A mélyen evangélikus meggyőződésű főbíró áttért a katolikus hitre. Szabadlábra helyezése után immáron katolikusként egy botrányos jelenet keretében levette a falról a korábbiakban saját maga által az evangélikusoknak adományozott festményt. Pár évvel később, amikor már megtehette, visszatért az evangélikus hitre. Az eperjesi lakosok mindezen „vargabetűk” ellenére ismételten főbíróvá választották többször is, mely tisztséget majdnem haláláig folyamatosan töltötte be. A család sorsa ezután nagyon rosszul alakult, fiait koholt vádak alapján kivégezték, vagyonukat elkobozták, unokái mély szegénységbe süllyedve hagyták el Eperjest. Rezik János rektor az 1687-es eperjesi kivégzésekről szóló könyvét 1705-ben írta latin nyelven. Weber Jánossal kapcsolatos elfogultságát jól mutatja, hogy ugyan a főbíró már 1684-ben meghalt, Rezik művében mégis hangsúlyosan szerepelt, de pozitív cselekedeteit rendre elhallgatta és ekképpen ítélte el a ténykedését: „Éjjel-nappal folyton azon törte az eszét, hogy legalább emlékezete maradna fel sokáig. De ezt a dicséretre méltó törekvést csak a valódi erény által érhette volna el.”
A Rákóczi-szabadságharc során 1705-ben a kollégium újraindult Collegium Rákóczyanum néven, ekkoriban rektora a Toruńból hazatérő Rezik János volt. Az intézmény azonban továbbra is nehéz helyzetben volt, mert még a Thököly Imre végrendeletében ráhagyott tokaji szőlők sem biztosították a fennmaradását. Szükség volt XII. Károly svéd király anyagi támogatására ahhoz, hogy az intézmény zavartalanul működhessen és néhány szerencsés diák külföldön is folytathassa tanulmányait. Az 1707-es rózsahegyi zsinat az eperjesi kollégium egyetemmé alakítását tervezte, de ebből semmi sem lett. A viszontagságokat csak tetézte az 1710-ben kitört pestisjárvány, amiben Rezik János is elhunyt. A szabadságharc bukásakor még úgy tűnt, hogy az evangélikusok megtarthatják az intézményt, de ez hiú ábránd maradt a Habsburgok ellenállása miatt. Kollégium helyett az evangélikusok csak egy külvárosi alsófokú iskolát működtethettek egy egyszerű faépületben. Ráadásul még az addig egyéges háromnyelvű (német, szlovák és magyar) gyülekezett is szétszakadt egy külön német és szlovák részre.
Nemesi patrónusoknak hála az 1750-es években lehetővé vált egy nagyobb faépület építése is, és a 18. század második felében már ismét líceum jellege lett az intézménynek, mert matematikát, filozófiát és filozófiát is taníthattak. Ily módon tehát ismét egy fejlődési korszak következett be, megint nőtt a tanárok és diákok létszáma, annyira, hogy 1779-ben már a külvárosi evangélikus iskolában 30%-kal többen tanultak, mint a központi fekvésű jezsuita intézményben.
Az evangélikusok számára pozitív fejleményeket az hozott, hogy miután 1773-ban XIV. Kelemen pápa feloszlatta a jezsuitákat, ezt Mária Terézia is megtette a birodalomban. Másrészt 1781-ben II. József kiadta a Türelmi Rendeletet melynek jóvoltából végre lehetőség nyílt a kollégiumok visszaszerzésére is. Persze nem ingyen kapták meg, hanem 1783-ban árverés útján lett az evangélikusoké a Szentháromság-templommal együtt. A városi tanáccsal is meg kellett küzdeniük a kollégium épületéért, mert az megóvta az árverés eredményét, de végül a császár személyes közbenjárására egy megismételt árverésen magasabb összegért, 6 000 forintért az övék lett. Ekkortájt a joggyakorlatát Eperjesen töltő Kazinczy Ferenc így írt az evangélikus intézményről: „…itt négy nyelv van divatban, az igazság emberei, a papság, a tanítók és a tanulók mind deákul beszélnek, az uraságok magyarul, a polgárság németül, és mindenki tótul.”
1785-től végre töretlen fejlődés kezdődött a kollégium életében, melynek rektora Carlovszky János lett. A 19. század első felében már érződött a reformkor előszele, mert a német nyelvet elkezdte kiszorítani a magyar az eperjesi kollégium oktatási gyakorlatában. 1821-től például az ösztöndíj feltételéül szabták a magyar nyelv ismeretét. 1844-től a magyar volt az oktatás nyelve, de a szlovák és a német nyelvet is tanították, és a kollégium hivatalos ünnepségei háromnyelvűek voltak.
Az ellenreformáció időszakában középiskolai szintre visszaminősített intézmény a 19. század közepétől a jogi, filozófiai és teológiai karok működtetésével ugyan egy alacsonyabb szinten, de bekerült a felsőoktatási intézmények közé. A jogi képzés 1815-ben kezdődött meg. A híres diákok közül feltétlenül kiemelendő Kossuth Lajos, aki 1816-ban Sátoraljaújhelyről érkezett és 1819. július 5-én kiváló minősítést szerzett a filozófiai-teológiai osztályban, ahol többek között matematikát, fizikát, magyar történelmet, filozófiát és jogot hallgatott.
Az 1840-es években már 400 hallgatója volt az intézménynek, amelyben német, szlovák és magyar nyelven folyt az oktatás. 1845-ben az itt tanuló Kerényi Frigyest meglátogatta négy hétre két jó barátja: Petőfi Sándor és Tompa Mihály. „Költőverseny” keretében mindhárman írtak egy-egy verset a határban található kis faházról.
Érdemes megvizsgálni a diákok számát és felekezeti hovatartozását kevesebb, mint fél évszázad távlatában. Míg a 19. század elején még a diákok majdnem fele Eperjes környékéről származott és 94%-uk evangélikus volt, addig 1847/48-ban 80%-kal több diák tanult az intézmény falai között, és csak kétharmaduk volt evangélikus. A maradék nagy része református volt, de megjelentek a katolikusok, görögkeletiek és zsidók is, ami az intézmény rangjának emelkedését jelzi. A forradalom és szabadságharc eszméjével a tanárok és diákok többsége rokonszenvezett, ami miatt az 1848–49-es szabadságharc alatt az intézmény léte ismét veszélybe került. A forradalmi kormány melletti elköteleződésnek 1849-ben az orosz intervenciós csapatok vetettek véget, a kollégium épülete hadikórház lett. Az oroszok kivonulása után a kollégium ideiglenes – provizórikus – rendben működött, még a jogi képzést is átmenetileg fel kellett függeszteni.
A kiegyezést (1867) követően a kollégiumban négy intézmény működött: gimnázium, teológiai akadémia, jogi akadémia, tanítóképző intézet. Utóbbi 1873-ban költözött Nyíregyházáról Eperjesre. 1878-tól a kétéves jogi képzés helyett négyéves jogi akadémiát vezettek be, ugyanígy lett a teológiai akadémia is hasonló hosszúságú 1884-től kezdve. A szervezeti hierarchia is követte az új intézményeket: a kollégium élén állt a rektor, az akadémiák élén dékánok, a tanítóképző és a gimnázium élén az igazgató.
A fénykort újabb hanyatlás követte, ugyanis a nemzetiségek beolvasztására irányuló stratégia hosszú távon megbosszulta magát. Míg régebben a kollégium híres volt háromnyelvűségéről, 1882-ben már pánszlávizmus terjesztése miatt csaptak ki néhány tanulót. Hiába emeltek új épületet 1911-ben, a Monarchia szétesése után a csehszlovák kormány nem kívánt magyar nyelvű kollégiumot fenntartani, így az intézményeket Magyarországra kellett költöztetni. A jogi akadémia Miskolcra került, a teológiai képzést összevonták a sopronival, a tanítóképző intézet pedig 1924-ben megszűnt. A gimnázium kétnyelvű intézményként még egy rövid ideig fennmaradhatott, 1926-ban tartották az utolsó magyar nyelvű érettségit. Napjainkban Eperjes lakosságának 88%-a szlovák és a magyarok lélekszámát még a helyi ruszinok és a cigányság is felülmúlja.
Összefoglalva elmondhatjuk, hogy a kollégium az alábbi időszakokban működött: 1665 és 1671, 1673 és 1687, 1705 és 1710, 1783 és 1849, 1850 és 1926 között, vagyis a 261 évből megszakításokkal 157 éven át, tehát nagyjából az eltelt idő 60%-ában. A líceumot a gimnáziumtól megkülönböztető 9–10. évfolyam (jogi és teológiai karok), majd az akadémiák még ennél is rövidebb ideig léteztek. Az iskola legnevesebb diákjai voltak: Thököly Imre, Kossuth Lajos, Dessewffy Arisztid, Görgey Artúr, Michal Miloslav Hodza, Pulszky Ferenc, Irányi Dániel, Sárossy Gyula, Kerényi Frigyes, Lisznay Kálmán, Vachot Imre, Wachott Sándor, Haán Lajos, Hunfalvy Imre, Greguss Ágost, Ráth Mátyás, Vandrák András, Henszlmann Imre.
Az intézmény működése távolról sem volt egy olyan sikertörténet, mint amilyennek egyes források láttatni akarják, jócskán voltak benne vargabetűk, emberi ellentétek, anyagi nehézségek, tanár- és diákhiány. Utódintézményei közül az Eperjesi–Miskolci Jogakadémiát a kommunisták 1949. augusztus 30-án szüntették meg, azonban a rendszerváltás óta ismét szoros az együttműködés a Miskolci Egyetem Állam- és Jogtudományi Kara és az Evangélikus Teológiai Akadémia között; a Miskolci Egyetem Jogtudományi Kara az egykori akadémia szellemi örököse lett. Zárszóként álljon itt egy idézet Marcus Aureliustól, amely jól jellemzi az egykori eperjesi kollégium, majd annak utódintézményeinek viszontagságos sorsát is: „Légy szirtfok, amelyet szüntelen csapkodnak a hullámok, de ő rezdületlenül áll, s körülötte elcsöndesül a habzó forgatag. Ne búslakodj a kedvezőtlen szél-járás miatt – inkább örülj, és élj derűs arccal: ha a jelen nem tör meg, a jövőtől sem kell tartanod. Miért nevezed szerencsétlenségnek, ha valami rossz történt veled? Tekints rá úgy, mint szerencsére – és azzá válik.”